MUTABOR bietet ein reiches Feld an Einsatzmöglichkeiten und ist so gesehen ein mächtiges Werkzeug. Bei dynamischen Umstimmungen erschweren allerdings bei größerer musikalischer Komplexität der Stücke Durchgangsnoten und unkonventionelle Akkorde das saubere Erkennen der Harmoniemuster (und somit der Tonart). Als Lösung bietet MUTABOR zwei Möglichkeiten: Man kann den Tonartenverlauf des zu spielenden Stücks zuvor in einer MIDI-Datei festlegen und diese als für die Umstimmungslogik „aktiv“ erklären – die Möglichkeiten des live-Musizierens werden dadurch natürlich eingeschränkt. Eine andere Möglichkeit ist, ein zweites Keyboard anzuschließen, und über dieses die jeweils aktive Tonart festzulegen.
Beide Ideen nutzen das neue Routen-Konzept (ab MUTABOR 3), durch das man auch mehrere unterschiedliche Logiken parallel laufen lassen (ging allerdings auch schon in MUTABOR II) und insbesondere einzelne Eingabegeräte (Keyboard oder MIDI) als aktiv bzw. passiv bzgl. einer bestimmten Logik deklarieren kann.
Mittels Routen kann man auch ausgeführte Stücke in MIDI-Dateien umleiten – inklusive der Informationen über erfolgte Umstimmungen. So lassen sich etwa Stimmen einzeln einspielen – unter Umständen jede in einer anderen Stimmung – und zu einer MIDI-Datei kombinieren.